Organisationssysteme sind soziale Gefüge, die Menschen in einem beruflichen Kontext innerhalb einer Organisation/eines Unternehmens bilden. Das besonders Herausfordernde an Organisationssystemen ist, dass im Gegensatz zu Familiensystemen die Menschen aus völlig unterschiedlichen Herkunftsfamilien ein eigenes funktionales System in einem Unternehmen, einer Behörde, einem Verband, etc. bilden. Von jedem einzelnen wird effiziente Zusammenarbeit, gute Leistung und Erfolg erwartet.

Die Tatsache, dass eine Organisation ein Zusammenwirken vieler Einzelsysteme ist, wird z. B. in Produktivitätssteigerungsprozessen meist viel gar nicht berücksichtigt. Nur allzu oft investieren Unternehmen erfolglos viel Geld in moderne Steuerungsverfahren, weil die eigentliche Ursache, nämlich eine systemische Störung im Beziehungsgeflecht der Organisation, dadurch nicht gelöst wird. Dieses Problem wirkt sich vor allem in belasteten Zeiten für das Unternehmen (etwa durch Demotivation, Mobbying, Illoyalität, etc.) negativ aus. Weiters kommt es auch nach Unternehmenskäufen und Organisationszusammenlegungen sehr oft zum Tragen.

Durch Organisationsaufstellungen werden gerade undefinierbare, chronische Problemsituationen, die sich mit üblichen Maßnahmen nicht lösen lassen, auf systemischer Ebene identifiziert und durch entsprechende Folge-Maßnahmen einer Lösung zugeführt.